Die Zollfahndungsinspektion Berlin nimmt ihre operativen polizeilichen Aufgaben durch ihre Zollkommissariate Berlin und Berlin-Flughafen wahr. Sie übt die Dienstaufsicht über die nachgeordneten Zollkommissariate aus und ist deren interne Führungs- und Verwaltungsebene. Sie ist zugleich regionale Ansprechpartnerin für die Zusammenarbeitsbehörden in ihrem Bezirk.