Das Zollkommissariat Frankfurt/Oder ist operative Kernzelle zur 24/7-Sicherung sämtlicher vollzugspolizeilichen Aufgaben des Zolls in seinem Bezirk. Es operiert in der Alltagslast weitestgehend selbstständig und verfügt über zwei Zollwachen in Frankfurt/Oder und Oderberg, die 24/7 mit Kontroll- und Streifenkräften besetzt und einsatzfähig sind sowie über einen Kriminaldienst mit mehreren Kommissariaten in Frankfurt/Oder für die kriminalpolizeilichen Aufgaben des Zolls. Zudem sind in Frankfurt/Oder noch zwei Einsatzgruppen Intensivkontrolle stationiert.