Das Zollkommissariat Frankfurt/M.-Flughafen ist operative Kernzelle zur 24/7-Sicherung sämtlicher vollzugspolizeilichen Aufgaben des Zolls in seinem Bezirk. Es operiert in der Alltagslast weitestgehend selbstständig und verfügt über eine Zollwache am Rhein-Main-Airport in Frankfurt/M., die 24/7 mit Kontroll- und Streifenkräften besetzt und einsatzfähig ist sowie über einen Kriminaldienst mit einem Kommissariat für die kriminalpolizeilichen Aufgaben des Zolls. Arbeitsmarktkriminalität wird allerdings im Zollkommissariat Frankfurt/M. bearbeitet. Die Unterstützungsgruppe Dig. Forensik, VAM und TKÜ sitzt auch beim Zollkommissariat Frankfurt/M.