Das Zollkommissariat Hamburg ist operative Kernzelle zur 24/7-Sicherung sämtlicher vollzugspolizeilichen Aufgaben des Zolls in seinem Bezirk. Es operiert in der Alltagslast weitestgehend selbstständig und verfügt über drei Zollwachen in Hamburg, Hamburg-Flughafen und Hamburg-Seehafen, incl. der Zollboote im Hafen, die 24/7 mit Kontroll- und Streifenkräften besetzt und einsatzfähig sind sowie über einen Kriminaldienst mit mehreren Kommissariaten in Hamburg für die kriminalpolizeilichen Aufgaben des Zolls.