Das Zollkommissariat Rostock ist operative Kernzelle zur 24/7-Sicherung sämtlicher vollzugspolizeilichen Aufgaben des Zolls in seinem Bezirk. Es operiert in der Alltagslast weitestgehend selbstständig und verfügt über zwei Zollwachen in Rostock und Wismar, die 24/7 mit Kontroll- und Streifenkräften besetzt und einsatzfähig sind sowie über einen Kriminaldienst mit mehreren Kommissariaten in Rostock für die kriminalpolizeilichen Aufgaben des Zolls.