Das Zollkommissariat Bremerhaven ist operative Kernzelle zur 24/7-Sicherung sämtlicher vollzugspolizeilichen Aufgaben des Zolls in seinem Bezirk. Es operiert in der Alltagslast weitestgehend selbstständig und verfügt über vier Zollwachen in Bremerhaven, Bremerhaven-Hafen, Cuxhaven und Stade, die 24/7 mit Kontroll- und Streifenkräften besetzt und einsatzfähig sind sowie über einen Kriminaldienst mit mehreren Kommissariaten in Bremerhaven für die kriminalpolizeilichen Aufgaben des Zolls und ein Infoteam in Bremerhaven.