Das Zollkommissariat Emden ist operative Kernzelle zur 24/7-Sicherung sämtlicher vollzugspolizeilichen Aufgaben des Zolls in seinem Bezirk. Es operiert in der Alltagslast weitestgehend selbstständig und verfügt über zwei Zollwachen in Emden und Norden, die 24/7 mit Kontroll- und Streifenkräften besetzt und einsatzfähig sind sowie über einen Kriminaldienst in Emden für die kriminalpolizeilichen Aufgaben des Zolls. Zollkriminalität und Unterstützung bei Digitaler Forensik, VAM oder TKÜ-Technik erfolgt durch das Zollkommissariat Oldenburg.