Das Zollkommissariat München ist operative Kernzelle zur 24/7-Sicherung sämtlicher vollzugspolizeilichen Aufgaben des Zolls in seinem Bezirk. Es operiert in der Alltagslast weitestgehend selbstständig und verfügt über drei Zollwachen in München, München-Flughafen und Ingolstadt, die 24/7 mit Kontroll- und Streifenkräften besetzt und einsatzfähig sind sowie über einen Kriminaldienst mit mehreren Kommissariaten in München und Ingolstadt für die kriminalpolizeilichen Aufgaben des Zolls.