Das Zollkommissariat Freiburg ist operative Kernzelle zur 24/7-Sicherung sämtlicher vollzugspolizeilichen Aufgaben des Zolls in seinem Bezirk. Es operiert in der Alltagslast weitestgehend selbstständig und verfügt über fünf Zollwachen in Freiburg, Lörrach, Weil am Rhein, Rheinfelden und Basel Bahnhof, die 24/7 mit Kontroll- und Streifenkräften besetzt und einsatzfähig sind sowie über einen Kriminaldienst mit mehreren Kommissariaten in Freiburg, Lörrach und Offenburg für die kriminalpolizeilichen Aufgaben des Zolls.