Das Zollkommissariat Pfullingen ist operative Kernzelle zur 24/7-Sicherung sämtlicher vollzugspolizeilichen Aufgaben des Zolls in seinem Bezirk. Es operiert in der Alltagslast weitestgehend selbstständig und verfügt über eine Zollwache in Pfullingen, die 24/7 mit Kontroll- und Streifenkräften besetzt und einsatzfähig ist sowie über einen Kriminaldienst mit einem Kommissariat in Pfullingen für die kriminalpolizeilichen Aufgaben des Zolls. Zollkriminalität wird vom Zollkommissariat Stuttgart bearbeitet. Zudem sind in Pfullingen noch die zentralen Verstärkungskräfte in den Einsatzgruppen der mobilen Zollverstärkungskräfte, der Kontrollgruppe Technik, der Sicherungs-, Begleit- und Transportgruppe sowie der Tatortgruppe stationiert.