Die Zollfahndungsdirektion Frankfurt/Main ist die untere Behörde (Ortsbehörde) unter dem Zollkriminalamt. Sie ist zuständig für das Gebiet der Bundesländer Hessen, Rheinland-Pfalz und Saarland und gliedert sich in die Inspektionen Frankfurt/Main, Gießen und Koblenz.

Der Zollfahndungsdirektion obliegen sämtliche vollzugspolizeilichen Kontroll-, Fahndungs- und Ermittlungsaufgaben des Zolls. In den insgesamt acht Direktionen werden durch sie in der Dauerlast sämtliche vollzugspolizeilichen Aufgaben des Zolls erledigt. Sie verfügen über die nötigen Spezialeinheiten, Techniktrupps etc., um alle Kontroll-, Fahndungs-, Ermittlungs- und Einsatzlagen selbstständig abzuarbeiten. In der Direktion sind alle Zentralen Dienste und Zentralen Kommissariate sowie die Direktionsverwaltung, ein Führungs- und Lagedienst etc. verankert. Der Stabsbereich Einsatz steuert die Inspektionen mit ihren Zollkommissariaten. Er verfügt über die Führungs- und Einsatzmittel in der Direktion. In den Zollkommissariaten befinden sich die Zollwachen für den Kontroll- und Streifendienst sowie die Kriminalkommissariate zur Bekämpfung der Zollkriminalität (Ex-Zollfahndung) und der Arbeitsmarktkriminalität (Ex-FKS) sowie dislozierte Kommissariate zur Unterstützung durch Digitale Forensik, Vermögensabschöpfung (VAM) und TKÜ-Technik.

Jede Direktion verfügt zentral über einen Stabsbereich Verwaltung und einen Stabsbereich Führung und Einsatz sowie über Zentrale Dienste im Bereich Technik, Spezialeinheiten, Zeugenschutz, VP-Führung sowie Einsatztraining und über Zentrale Kommissariate zur Bekämpfung von Organisierter Kriminalität, komplexer Wirtschaftskriminalität sowie zur Durchführung von Finanzermittlungen und Vermögensabschöpfungen sowie für die Gemeinsamen Gruppen mit der Polizei (GFG, GER, GEZig etc.)