Die Zollfahndungsinspektion Kiel nimmt ihre operativen polizeilichen Aufgaben durch ihre Zollkommissariate Flensburg, Kiel und Lübeck wahr. Sie übt die Dienstaufsicht über die nachgeordneten Zollkommissariate aus und ist deren interne Führungs- und Verwaltungsebene. Sie ist zugleich regionale Ansprechpartnerin für die Zusammenarbeitsbehörden in ihrem Bezirk.